The Brazilian Bioinformatics Network
The BRAZILIAN BIOINFORMATICS NETWORK (RNBio) was created in January 2014 as a result of a Structuring Program of the Ministry of Science, Technology and Innovation (MCTI) aimed at strengthening research involving the use of bioinformatics in Brazil. The network's mission is to foster the development of research projects in multicentric format and the training of human resources in thematic studies involving computational biology, eg. studies involving genome sequencing, analysis of transcriptomics and proteomics, and systems biology and interactome studies.
The core founder of RNBio is formed by researchers linked to three institutions with a strong tradition in research in the areas of genomics, proteomics and computational biology, namely the National Laboratory for Scientific Computing (LNCC), the National Biosciences Laboratory (LNBio / CNPEM) and the Federal University of Minas Gerais (UFMG), supported by the General Coordination of Biotechnology and Health of the Ministry of Science, Technology and Innovation. The creation of the Brazilian Bioinformatics Network is therefore derived from previous experiences of success that had the participation of members of these institutions and that revealed, in addition, the huge potential of the existing groups in Brazil to leverage research involving Bioinformatics, a strong inherent demand for this type of activity that involves the constant improvement of the computational infrastructure available. The RNBio also aimed to work closely with the High Performance Processing National Centers (CENAPADs) structured in the National System of High Performance Computing (SINAPAD). These centers were able to increase the performance capability of computational analyzes in many Brazilian institutions.
At the heart of RNBio, there is a Multiuser Computational Platform, accessible from this gateway that enables the development and interconnection of software of interest to researchers from different areas and other users, the development of analysis protocols and the storage of data generated by different research groups that may join the network. With the interconnection between research groups from different regions around the multicentric projects and exchange of experience between experts groups in various areas of knowledge, RNBio will certainly contribute to the scientific and technological development of the country.
One of the Network's objectives is the provision of a Bioinformatics portal which was originally developed by the Bioinformatics Laboratory (LABINFO) and CENAPAD / SINAPAD from LNCC.
The first version of the Bioinfo-Portal portal contains: (1) bioinformatics programs/packages such as: Align-m, bcftools, BEAST2, Bowtie2, bwa, ClustalW2, codeml, ExaML, FragGeneScan, GeneMarkS, Glimmer3, HMMER3, Kalign2, MAFFT, MetaGeneMark, ModelGenerator, MUSCLE, NxTrim, PartitionFinder, PHYLIP, ProbCons, RAxML, Ray, ReadSeq, samtools, SPAdes, and T-Coffee and (2) scientific workflows for comparative genomics and phylogeny managed with the Scientific Workflow Management System Swift and SciCumulus, respectively.
A Rede Nacional de Bioinformática
A REDE NACIONAL DE BIOINFORMÁTICA (RNBio) foi criada em Janeiro de 2014 como resultado de um Programa Estruturante do Ministério de Ciência e Tecnologia e Inovação (MCTI) voltado para o fortalecimento das pesquisas envolvendo o uso da bioinformática no país. A missão da REDE é fomentar o desenvolvimento de projetos de pesquisa no formato multicêntrico e a formação de recursos humanos em estudos temáticos envolvendo biologia computacional, como por ex. estudos envolvendo sequenciamento de genomas, análises de transcriptômica e proteômica, estudo de biologia de sistemas e de interactoma.
O núcleo fundador da RNBio é formado por pesquisadores vinculados a três Instituições com forte tradição em pesquisas nas áreas de genômicas, proteômica e biologia computacional, a saber, o Laboratório Nacional de Computação Científica, o Laboratório Nacional de Biociências (LNBio/CNPEM) e a Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG), apoiados pela Coordenação Geral de Biotecnologia e Saúde do Ministério de Ciência e Tecnologia e Inovação. A criação da Rede Nacional de Bioinformática é portanto decorrente de experiências prévias de sucesso que tiveram a participação de membros dessas Instituições e que revelaram, além do enorme potencial dos grupos existentes no país para alavancar as pesquisas envolvendo a Bioinformática, uma forte demanda inerente à esse tipo de atividade que é o constante aperfeiçoamento da infraestrutura computacional disponível. A RNBio visava também atuar estreitamente com os Centros Nacionais de Processamento de Alto Desempenho (CENAPAD) estruturados no sistema SINAPAD. Esses centros conseguiram aumentar a capacidade de execução de análises computacionais em muitas Instituições no pais.
No cerne da RNBio, encontra-se uma Plataforma Computacional Multiusuária, acessível a partir desse portal de entrada e que possibilitará o desenvolvimento e a interligação de softwares de interesse de pesquisadores de diversas áreas e outros usuários, o desenvolvimento de protocolos de análise, bem como a estocagem de dados gerados pelos diversos grupos de pesquisa que poderão se associar à Rede. Com a interligação entre grupos de pesquisa de diferentes regiões do país em torno de projetos multicêntricos e a troca de experiência entre grupos especialistas nas várias áreas do conhecimento, a RNBio irá certamente contribuir para o desenvolvimento científico e tecnológico do país.
Um dos objetivos da Rede é a disponibilização de um portal de Bioinformática que foi inicialmente desenvolvido pelo Laboratório de Bioinformática (LABINFO / LNCC), SINAPAD e CENAPAD/LNCC.
Nesta primeira versão, o portal Bioinfo-Portal contém: (1) programas de bioinformática tais como: Align-m, bcftools, BEAST2, Bowtie2, bwa, ClustalW2, codeml, ExaML, FragGeneScan, GeneMarkS, Glimmer3, HMMER3, Kalign2, MAFFT, MetaGeneMark, ModelGenerator, MUSCLE, NxTrim, PartitionFinder, PHYLIP, ProbCons, RAxML, Ray, ReadSeq, samtools, SPAdes, and T-Coffee e (2) workflows científicos para genômica comparativa e filogenia modelados com os Sistemas de Gerência de Workflows Científicos Swift e SciCumulus, respectivamente.
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